Státní zdravotní ústav je příspěvkovou organizací ministerstva zdravotnictví. Dle zákona se zřizuje k přípravě podkladů pro národní zdravotní politiku, pro ochranu a podporu zdraví, k zajištění metodické a referenční činnosti na úseku ochrany veřejného zdraví, k monitorování a výzkumu vztahů životních podmínek a zdraví, k mezinárodní spolupráci, ke kontrole kvality poskytovaných služeb k ochraně veřejného zdraví, k postgraduální výchově v lékařských oborech ochrany a podpory zdraví a pro zdravotní výchovu obyvatelstva. Statutárním orgánem ústavu je ředitel, kterého jmenuje a odvolává na návrh hlavního hygienika České republiky ministr zdravotnictví. Sídlo Státního zdravotního ústavu se nachází na adrese Šrobánova 49/48, Praha 10.
Odborná centra:
- Centrum zdraví a životního prostředí
- Centrum zdraví, výživy a potravin
- Centrum hygieny práce a pracovního lékařství
- Centrum podpory veřejného zdraví
- Centrum epidemiologie a mikrobiologie
- Centrum toxikologie a zdravotní bezpečnosti
- Národní antibiotický program
- Oddělení biostatistiky
- Středisko vědeckých informací.
Národní referenční pracoviště, centra, laboratoře.
Mezilaboratorní porovnávání:
- expertní skupina pro zkoušení způsobilosti je společné pracoviště akreditované ČIA, které zajišťuje organizování programů zkoušení způsobilosti laboratoří (PZZ) v oblastech:
- analýz vod a odběrů pitných vod a vod ke koupání
- analýz venkovního, vnitřního a pracovního ovzduší
- genetické toxikologie
- lékařské mikrobiologie.