CÚ pro JmK vykonává správu cel, spotřebních a energetických daní. Vykonává kontrolní činnosti v silniční dopravě, v oblasti ochrany práv duševního vlastnictví, zaměstnávání cizinců atd. Vymáhá a vybírá poplatky a pokuty uložené jinými správními orgány.
Pracoviště v Brně - Koliště 17 - sídlo - podatelna + agenda kontrol
- Řipská 9 - podatelna + pokladna + agenda celní, daňová, právní, správa příjmů a vymáhání
Územní pracoviště CÚ pro JmK - vykonávají pouze vybrané agendy - Celní a daňová (Brno-Slatina, Blansko, Hodonín), celní - Lanžhot D2, daňová - Břeclav, Vyškov, Znojmo.