Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. je v současnosti největší pracoviště v České republice, které komplexně studuje vlastnosti mikroorganizmů (bakterií, kvasinek, hub a řas) a savčích buněčných linií z hlediska základního výzkumu i z hlediska jejich praktické využitelnosti v průmyslu či medicíně. Hlavními směry výzkumu ústavu jsou buněčná a molekulární mikrobiologie, genetika a fyziologie mikroorganizmů a jejich rezistence vůči antibiotikům, produkce mikrobiálních metabolitů a jejich biotransformace a šlechtění produkčních kmenů. Část ústavu se věnuje významu mikroorganizmů ve fylogenetickém a ontogenetickém vývoji imunity a při vzniku autoimunitních chorob a v neposlední řadě imunoterapii nádorových onemocnění. Nacházíme se na adrese Vídeňská 1083, Praha.
Laboratoř, laboratoře, výzkum:
- molekulární biologie bakteriálních patogenů
- buněčné signalizace
- modulace genové exprese
- post-transkripční kontroly genové exprese
- mikrobiální genetiky a genové exprese
- reprodukce buňky
- regulace genové exprese
- bioinformatiky
- strukturní biologie a buněčné signalizace
- charakterizace molekulární struktury
- biologie sekundárního metabolismu
- biotransformací
- genetiky a metabolismu hub
- environmentální mikrobiologie
- nádorové imunologie
- imunoterapie...................a další.
Servisní střediska:
- Biotechnologická hala
- Středisko sekvenace DNA
- Středisko Cytometrie a Mikroskopie.
Ústav má čtyři mimopražská pracoviště, a to v Nových Hradech Centrum nanobiologie a strukturní biologie, v Třeboni Centrum ALGATECH, ve Vestci Centrum BIOCEV (http://www.biocev.eu/ ) a v Novém Hrádku Laboratoř
gnotobiologie.