Obec Hubenov vznikla pravděpodobně německou kolonizací. Stará vesnice podle archivních záznamů měla již v roce 1366 název Hladov (v latinských listinách název Steindorf) a původní obyvatelé se zabývali pastevectvím. V pozdější době se pastevní dvorce Hladov (Starý Hubenov) a Hubenov (Nový Hubenov) dostaly do majetnictví kláštera v Želivě.
Za husitských válek přešel majetek želivského kláštera na rod Trčků z Lípy. Krištof Jaroslav Trčka z Lípy poté prodal vesnici Hladov a dvorec Hubenov Albrechtovi z Ratibořic, který pak v roce 1599 prodal tento majetek městu Jihlava. Ve vlastnictví jihlavských měšťanů byla obec do roku 1848.
Do šedesátých let minulého století měla obec 36 popisných čísel, od poloviny 60 let bylo zcela přestavěno nebo nově vybudováno 10 usedlostí, v sedmdesátých letech se obdobně rozvíjela výstavba na Novém Hubenově. V současné době má obec 61 popisných čísel a 141 trvale žijících obyvatel.
V roce 1953 byl v obci založen hasičský sbor. V květnu 1957 při veliké bouřce zapálil blesk stodolu čp. 17 a následně rodinný domek pana Friedla a hospodářské budovy v sousední usedlosti pana Krupičky. Požár zmíněné objekty zcela zničil i přes pohotový zásah hasičů. Díky přispění sousedů i vlastním přičiněním pak majitel během několika dnů domek znovu vystavěl.
V roce 1971 byly upraveny veřejné prostory v obou částech obce. Vyčištěná a upravená prostranství byla osázena okrasnými stromy a keři a výrazně se tak zlepšilo životní prostředí v obci.
Obecní úřad naleznete na adrese Hubenov 8, okres Jihlava.