Ústav fyziky atmosféry (ÚFA) AV ČR byl založen 1. ledna 1964. Výzkumná aktivita v současnosti pokrývá celou atmosféru Země - od přízemní vrstvy až po meziplanetární prostor. V Akademii věd ČR se ÚFA řadí k průměrně velkým ústavům - zaměstnává přes 80 pracovníků, z nichž většina má vysokoškolské vzdělání. Ústav se člení na čtyři vědecká oddělení a jednu výzkumnou skupinu. Sídlí v Praze 4 na Spořilově.
Oddělení meteorologie studuje metody, které mohou zpřesnit lokální předpověď meteorologických jevů (např. srážek či bouřek), a to zpracováním výstupů z modelů numerické předpovědi počasí. Dále se věnuje matematickému modelování proudění v mezní vrstvě atmosféry (což je část atmosféry nejblíže zemskému povrchu) a šíření škodlivých příměsí v atmosféře. Důležité je i studium vlivu oblačnosti a srážek na útlum elektromagnetických vln v atmosféře a interpretace měření meteorologickými radary. V posledních letech se věnuje pozornost i výzkumu příčin extrémních srážek na našem území. Součástí oddělení jsou observatoře Milešovka a Kopisty. Milešovka (837 m n.m.) je nejdéle fungující horskou meteorologickou stanicí v ČR - klimatologická pozorování se tam provádějí prakticky bez přerušení od roku 1905. Dlouhá řada pozorování je cenným zdrojem informací pro studium změn klimatu. V posledních letech se na Milešovce měří i UV-B záření a provádějí se odběry vody z mlhy. Kopisty u Mostu (240 m n.m.) leží v podkrušnohorské uhelné pánvi; na 80 m vysokém stožáru se tam automaticky měří vertikální profily větru, teploty a vlhkosti.
Oddělení klimatologie a aeronomie se podílí na výzkumu dvou hlavních globálních problémů v atmosféře Země, jimiž jsou dlouhodobé změny klimatu a narušení ozónové vrstvy. Oddělení se konkrétně zabývá analýzou pozorovaných změn a proměnlivosti klimatu a odhadem změn, které mohou nastat v blízké budoucnosti v důsledku zesilování skleníkového efektu; dále pak prohlubováním poznatků o ozonosféře a studiem možností předpovídat změny celkového ozónu v atmosféře. Pracovníci oddělení zkoumají rovněž vlivy sluneční a geomagnetické aktivity na atmosféru a ionosféru a působení dějů v neutrální atmosféře na ionosféru. Součástí oddělení je ionosférická observatoř v Průhonicích.